Metagenomica: superaas voor virussen

Tijdens de coronapandemie werd iedere Nederlander een beetje viroloog, zoals er ook 17 miljoen bondscoaches zijn. Bijna iedereen heeft een PCR-test gedaan om te kijken of het coronavirus onder de leden zat. Die test kan ook ­andere virussen opsporen, en kan zelfs enkele virussen tegelijk toetsen. Maar daar bleef het bij.

Methode opgezet in Leids Universitair Medisch Centrum

Nu kunnen wetenschappers in Leiden met een bijzondere test alle mogelijke virussen in één keer aantonen. Klinisch viroloog Jutte de Vries (47) van het Leids Universitair Medisch Centrum zette deze methode op met medisch moleculair microbiologen en bio-informatici, onder wie ­Ellen Carbo (41). Zij optimaliseerde de techniek en maakte die geschikt voor de patiëntenzorg. Eind mei promoveerde ze hierop. ‘Ellen maakte de test nog gevoeliger met probes, die ik vergelijk met aas bij het vissen. Daardoor kunnen we virussen nog beter vangen,’ zegt De Vries. ‘Dat was een grote slag.’

Besmettelijke ziekten zijn zo oud als de mensheid. Tuberculose, veroorzaakt door een bacterie, is misschien wel de oudste en bestond mogelijk al 15.000 tot 20.000 jaar geleden. De Griekse arts Hippocrates en de oude Egyptenaren beschreven al diverse soorten infecties, waaronder de Atheense plaag van 430 voor Christus. Meer recente pandemieën waren de grieppandemie van 1918 tot 1920 (zo’n 50 miljoen doden) en de uitbraak van het hiv-virus, dat aids veroorzaakt (sinds de jaren tachtig zo’n 40 miljoen doden). SARS-CoV-2, bekend als het coronavirus, liet zien dat infectieziekten en pandemieën nog steeds een bedreiging kunnen vormen.

Alle virussen aantonen op basis van één buisje bloed of hersenvocht

Er zijn ruim duizend virussoorten bekend die de mens infecteren. Wetenschappers zochten naar een techniek om al die virussen op basis van één buisje bloed of hersenvocht te kunnen aantonen. Die methode is gevonden en heet metagenomic next-generation sequencing (mNGS).